Sponsered Link

DNAの長さに基づく地図

 

 物理地図は、物として実体のあるDNAをベースにつくる地図です。長さの単位は、何千塩基対(以下、1000塩基対を1kbと表示、キロベース)とか、何百万塩基対(100万塩基対を1Mbと表示、メガベース)です。

 

 染色体レベルの解析で、遺伝子やDNA多型の位置を決めるのも、一種の物理地図ですが、通常はクローン化したDNAを集めて染色体上の配列を再現するように並べた、コンティグを意味しています。

 

物理地図をつくる

 

 たとえば1番染色体の全長にわたる物理地図をつくるとしましょう。まず、ヒトの1番染色体を含むマウスなどの細胞(雑種細胞)をつくります。ヒトとマウスの細胞を融合した雑種細胞では、ヒトの染色体が徐々に失われ、時には1本だけが残るので、そのような細胞ができるのです。そのDNAを抽出して、YACなどに挟み込んだライブラリーをつくります。ヒトのDNAは他の動物と簡単に識別できますので(含まれる反復配列が違う)、ヒトの1番染色体に由来するYACクローンを拾い出すのは簡単です。薬品処理によってヒトの細胞核をバラバラにし、染色体1本だけを含む微小核を得て、雑種細胞をつくる方法もあります。

Sponcsered Link

 

 ヒトのクローンそれぞれについて、制限酵素による切断店の分布、あるいは特定の塩基配列の有無などを調べ、部分的に重複している複数のクローンがあれば、互いに連結したものとみなします。そのような操作を繰り返すことで、次々にクローンをつなげ(コンティグをつくり)、染色体の全長をカバーすまで延長していくのです。

 

 2つのクローンの間に重複している場所がないと、相互の位置関係はわかりません。重複している場所さえあれば、互いの位置関係がわかります。YACなど長いDNAのクローンほど、地図づくりに有利なのです。

image1 (9)

 1992年ごろから、最近人工染色体(BAC)も使われるようになりました。クローン化できるDNAの長さはYACより短いのですが、挟み込んだクローンが安定であるなどのメリットがあり、最近はこちらが主力です。

 

 短い区間を詳しく調べるためには、YACやBACのクローンをさらに小さいコスミドなどのベクターにクローン化し、塩基配列の解析に進むこともできますし、BACクローンなら、そのままショットガン法で塩基配列を決めることもできます。

Sponcered Link